Sterilizasyon ve dezenfeksiyon, bir diş kliniğinin olmazsa olmazıdır. Bu amaçla kullanılan her türlü dezenfektan ürünler, bakteri ve virüslere karşı etkin olup,bakterisit, fungisit,virüsit(HBV-HIV tüberküloz dahil) dir. Güvenli bir dezenfeksiyon için alet, yüzey dezenfektanı, alet ve bakım solüsyonları özel kaplarında etkinlik derecesine göre hazırlanır. Ayrıca el dezenfektan ve sabunları klinikte her zaman kullanıma hazır olmalıdır.

Aletler her kullanımdan önce sabunlu sudan geçirilip, fırçalanmalı daha önce hazırlanmış olan özel kabındaki solüsyonda yeterli süre beklemeye alınmalıdır. Çıkartıldığında tekrar bol su ile yıkanmalı kurulanmalı ve paketleme makinasında paketlenerek otoklavda basınçlı buhar ile sterilize edilmelidir. Kuru sıcak hava sterilizatörleri de sterilizasyon için kliniklerde kullanıma uygundur.

Sterilizasyon kabiliyeti olmayan tüm ürünler (Eldiven, Maske, Hasta Önlüğü, Bardak, Aspiratör Ucu vb.), tek kullanımlıktır. Yalnızca bir hastada kullanıldıktan sonra atılır. Hasta koltukları ünitler ve diğer temas yüzeyleri de her gün sıklıkla dezenfekte edilmelidir. Tedavi için diş kiliniğine gelen hasta ve refakatçilerinin ayrıca ziyaretçilerinin de daha giriş kapısından başlayarak galoj giymeleri kendi sağlıkları için önemlidir.